In 1928 namen de Franciscaner minderbroeders het college over om daar onder dezelfde naam een missiecollege te vestigen. Het bleef een instituut voor gymnasiaal onderwijs, maar werd geleid door paters Franciscanen of Minderbroeders en was bedoeld voor toekomstige priestermissionarissen. De missionarissen werden na hun opleiding uitgezonden naar Palestina, China, Brazilië, Noorwegen, Java, Pakistan, India en Nieuw Guinea. Aan deze tijd herinnert ook het Franciscaner kerkhofje. Hier liggen priesters begraven die na hun opleiding naar verre landen vertrokken om het evangelie te verspreiden. Ook voegden de Franciscanen een beeld toe aan de beeldentuin, dat van de heilige Franciscus Solanis. Ook in de periode van het missiecollege blijven de moestuinen aan de Rijnsburgse Vliet dienst doen in hun oude functie. Aan de boomgaarden uit deze periode herinneren de perenbomen langs de Mariavijver en de appelbomen ten westen van de grote vijver.
Na de landing van de Duitse troepen op 10 Mei 1940 bij het vliegveld Valkenburg, is er fel gevochten om het missiecollege. De leerlingen en de paters van het Missiecollege moesten overhaast aan alle kanten dekking zoeken. Van juli 1942 tot januari 1944 is waren de Duitsers ingekwartierd in het missiecollege. In het Zocherpark rond het Tolhuis werden loopgraven aangelegd. In augustus 1943 werden door een Engels bombardement de neogotische kapel en de aangrenzende gebouwen per abuis verwoest. Ook vond in deze en latere periodes een volkomen kaalslag plaats van het Heerenschoolbos. De Duitsers hakten bomen om en plaatsten ze op het strand als afweer voor een mogelijke invasie (landing) door de Engelsen. In de hongerwinter van 1944-1945 werden veel bomen “aangekocht” door inwoners van Katwijk, om hun huis te kunnen verwarmen en om “een potje op het vuur te kunnen zetten”. Na de oorlog werd nieuwe beplanting aangebracht onder leiding van Pater Mikx, die op het Franciscaner kerkhofje ligt begraven. Veel tuinbeelden zijn na de oorlog spoorloos verdwenen.
Pas in 1952 waren de gebouwen voldoende hersteld, zodat de lessen konden worden hervat. De werkzaamheden waren op dat moment weliswaar nog niet geheel voltooid, dus het was nog behelpen voor de paters en hun leerlingen. Die waren al vanaf 1947 ondergebracht in kloostercomplex Watersley bij Sittard, waar de Fransiscanen een duitstalig gymnasium runden. Het missiecollege bleef bestaan tot 1963, waarna het fuseerde met het Franciscaner College in Venray. We hebben het aan het Sint Willibrorduscollege te danken dat de tuinen nog in zo’n goede staat zijn, anders was de historische tuin wellicht al volgebouwd.
In 1964 neemt De Wilbert het Heerenhuis en het landgoed over van het missiecollege voor een verpleegtehuis. Daarna was nog lange tijd een aparte afdeling in de Wilbert ingericht voor de verzorging van gepensioneerde paters en missionarissen.
Oude Katwijk Binners herinneren zich nog hoe de Franciscaner paters en de studenten door de tuinen wandelden. Ze weten nog hoe de paters hun rokken optilden om je achterna te zitten als je weer eens aan de perenboom stond te schudden in de boomgaard. Hoe je kluiten naar je hoofd kreeg gesmeten als je met je vriendjes naar de overkant was gezwommen om aardbeien te pikken uit de moestuinen van de studenten.